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UCSF Chimera和ChimeraX怎么安装?

文章导读

大家好,我是顺亿。今天咱们来聊聊UCSF Chimera和ChimeraX这两款强大的生物分子结构可视化软件。如果你在做生物信息学或者相关领域的研究,这两款软件你肯定不会陌生。今天我们就来聊聊怎么安装它们,让你快速上手。

一、UCSF Chimera和ChimeraX是什么?

UCSF ChimeraX是Chimera的加强版,它们都是免费的,支持Windows、MacOS X和Linux平台。

1. UCSF Chimera

UCSF Chimera是一款用于可视化和分析生物分子结构的软件。它可以显示和操纵蛋白质、核酸等生物分子的三维结构,支持从各种来源获取分子结构数据,具有强大的可视化功能,还能进行分子对接和模拟等操作。

2. UCSF ChimeraX

ChimeraX是UCSF Chimera的继任者,它提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX主要用于处理大型分子结构的可视化和分析,支持多种分子文件格式,并提供了一系列的分析工具,如结构比对、密度图显示等。

二、使用步骤

1. 下载安装UCSF Chimera

Chimera下载页面:[Chimera下载页面](http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/)

对于Linux系统:

wget http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/cgi-bin/secure/chimera-get.py?file=linux_x86_64/chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin
chmod a+x ./chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin
sudo ./chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin

Chimera默认安装位置:/opt/UCSF/Chimera64-1.17.3,打开Chimera的方法:在终端输入以下

chimera

2. 下载安装UCSF ChimeraX

ChimeraX下载页面:[ChimeraX下载页面](https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/)

对于Linux Ubuntu22.04:

wget https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/cgi-bin/secure/chimerax-get.py?file=1.7/ubuntu-22.04/ucsf-chimerax_1.7.1ubuntu22.04_amd64.deb
sudo apt install ./ucsf-chimerax_1.7.1ubuntu22.04_amd64.deb

对于Linux Red Hat/CentOS 9:

wget https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/cgi-bin/secure/chimerax-get.py?file=1.7/centos-9/ucsf-chimerax-1.7.1-1.el9.x86_64.rpm
sudo dnf install ~/Downloads/ucsf-chimerax-1.7.1-1.el9.x86_64.rpm
# 如果找不到lib-OSMesa package,增加以下设置
sudo dnf config-manager --set-enabled crb

ChimeraX默认安装位置/usr/bin/chimerax,打开ChimeraX的方法:在终端输入以下

chimerax

总结

以上就是UCSF Chimera和ChimeraX的安装方法。这两款软件界面设置清晰明了,易于使用。Chimera可以用来为UCSF-DOCK处理受体的输入文件,读者可参考其他相关博文以及软件介绍文档。

参考资料

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