大家好，我是顺亿。今天咱们来聊聊FoldX软件中的一个实用功能——氨基酸扫描突变。这可是个挺高级的技术，但别担心，我会用最简单的方式让大家明白怎么操作。
首先，FoldX是一款免费的学术软件，特别适合做蛋白质结构分析。今天我们以新冠病毒RBD蛋白和ACE2复合物为例，看看怎么用它来扫描突变。
第一步：找到RBD与ACE2结合面上的残基
我们用pymol打开RBD蛋白和ACE2复合物，蓝色的是ACE2，绿色的是RBD。然后输入命令：create pocket, byres RBD within 5 of ACE2，这个命令的意思是找出ACE2周围距离5A的RBD上的残基。输入后回车，你会看到一个名为pocket的新条目。
第二步：展示出RBD蛋白在接触面上的残基
把pocket条目以sticks的形式呈现，然后随便选中一个残基，比如489位的酪氨酸（Y）。
第三步：对Y489进行突变
- 正确安装FoldX（安装过程很简单，我会在后面说明）。
- 建立工作文件夹，比如F:\mutation。
- 将rotabase.txt文件和要处理的pdb文件都放在工作目录下。
- 打开命令窗口，输入以下命令：
FoldX --command=PositionScan --pdb=7kmb.pdb --positions=YG489a
这个命令的意思是：对7kmb.pdb文件中的Y489残基进行突变，突变成其他所有的20种常见氨基酸残基。
运行结束后，你会在工作目录中看到突变的所有pdb文件和一个包含每一种突变情况的自由能的txt文件。
软件配置
FoldX支持Windows、Linux、Macos。我下载过Windows版本，但总是闪退，只好装了Linux版本。下载好后，有一个名为foldx的文件和一个名为rotabase.txt的文件。打开命令窗口，进入ubuntu环境，定位到foldx存在的目录，输入以下命令安装：sudo cp foldx /usr/local/bin/.然后输入FoldX --help验证是否成功安装。
好了，今天的分享就到这里。希望这篇文章能帮到大家。我是顺亿，关注趣航编程网（www.vqhf.com）了解更多编程知识。